如何组装 F 和 R 对 Sanger 序列？

Geneious de novo 组装器可用于对齐成对的正向和反向 Sanger 序列以创建单个一致序列。  这可以使用序列名称来引导程序集批量完成。 

首先，使用 Annotate 和 Predict - Trim Ends从您的读数中修剪质量较差的序列。  将错误概率限制设置为 0.05 以修剪质量得分小于大约 13 的碱基。  注释修剪的区域，以便您可以看到已修剪的内容并根据需要进行调整。  

修剪后保存更改。 

接下来，转到对齐/组装 - 从头组装以打开从头组装选项。  选择按名称组装选项，然后选择在 F 和 R 对之间相同的序列名称部分，加上将这部分与名称的非相同部分分开的符号。  

例如，对于这个 F 和 R 对列表，名称的相同部分（aru2、aru3 等）是第一部分，F 和 R 标识符用下划线分隔。

因此，从头组装设置应为“按名称的第一部分组装，以 _（下划线）分隔”。

这将为每对生成一个重叠群文档，如下所示。

在从头组装过程中，通过在从头组装设置窗口中选择保存一致序列选项，或在生成重叠群并进行目视检查后，可以生成每对读取的一致序列。  要从重叠群组装文档生成一致序列，请选择所有组装并转到工具 > 生成一致序列。