What is the best way to integrate with an ELN or bioregistry?

There are a few different ways Geneious Prime can be integrated with other systems such as ELN (electronic lab notebook), registry, LIMS or inventory system.以下是一些最佳选择，从最不复杂（且最易于实现）到最复杂。

我们了解，系统集成需要花费很多精力才能正确实现，因此建议您与我们联系以事先讨论您的需求。然后，我们可以帮助您决定采用的最佳方法。

注意：Geneious Prime当前不提供任何形式的Web API访问其数据的方式（例如REST API） 。如果您需要此功能，请与我们联系，以便我们更好地了解您的需求。

URN链接

如果您已经在Geneious Prime中使用共享数据库，则最简单的集成无需开发插件。共享数据库中的每个文档都有一个唯一的ID或URN，可以将其简单地存储在其他系统中，作为对您在Geneious中存储的序列数据的引用。

Once URNs are stored in the LIMS, it is then possible to construct hyperlinks that will open data in Geneious Prime when they are clicked in the web browser.

有关此的更多说明，请参阅用户手册的21.6节 ：“ Web链接到Generic Prime中的数据”。

Submission Operation

如果您准备开始使用我们的插件开发套件来编写插件，那么我们建议先添加一个操作（即菜单项或工具栏按钮），该操作将选定的序列提交给您的LIMS。您可以将所有序列数据保存到LIMS中，也可以将唯一的ID（URN）保存到Geneious中。

这是最容易实现的插件类型之一，可让您测试集成。在插件开发工具包中，以“ BackTranslationPlugin”示例作为起点。

或者，我们在GitHub上提供了一个开源LIMS集成示例，这也是一个很好的起点： https : //github.com/Biomatters/geneious-example-lims-connector

Database Service (for retrieval)

Next, if you'd like your users to be able to retrieve sequences from the LIMS directly, then we recommend implementing a "DatabaseService" which allows the user to browse and search for entries in the LIMS in a similar way to NCBI.这样，他们就可以将序列拖放到本地/共享数据库中进行处理，然后可以通过上述操作将其提交。

有关此示例，请参阅开发工具包中的“ ExampleGeneiousService”示例插件。

共享数据库侦听器

上述的另一种方法是实现一个 Geneious 插件，该插件将侦听 Geneious 共享数据库中预先指定的文件夹（或多个文件夹）中的更改。每当用户将文档添加到此文件夹时，它就会自动同步到您的 LIMS。相同的插件还可以监视 LIMS 端的更改并将这些更改同步到 Geneious 中的文件夹。LimsListenerPlugin.java提供了此结构的一个非常简单的示例。

这种方法为最终用户提供了最无缝的体验，但与任何类型的同步一样，您需要非常小心地管理状态以避免冲突等。这种用户界面还使最终用户更容易意外修改 LIMS 中的数据。

Writable Database Service (advanced!)

根据我们的经验，上述选择对于大多数客户而言已足够。但是，如果您需要完全集成的经验，则可以实现“ WritableDatabaseService”，该行为将用行为类似于本地数据库或共享数据库的单个数据库（由LIMS支持）替换以上内容。

我们不建议您使用此选项，因为它实施起来非常复杂，并且没有公开的示例。