如何创建自定义密码子使用表？

Custom codon usage tables can be created in Geneious Prime 2019 onwards by importing one of two file formats:

• EMBOSS cusp (*.cusp)
• GCG密码子频率（* .cod）。

这些文件可以从许多来源获取：

• 在Geneious之外的命令行上运行GCG CodonFrequency或EMBOSS cusp。
• 从公共数据库复制，例如https://www.kazusa.or.jp/codon的 GCG格式。有关如何执行此操作的屏幕截图，请参见下文。
• 从在线工具的结果中复制，例如http://www.bioinformatics.org/sms2/codon_usage.html和http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/cusp。

密码子使用表一旦导入到Geneious中，便会在您的文件夹中显示为文档，可以移动，复制，重命名或删除。无论它们出现在文件夹中的什么位置，所有密码子使用情况表文档都将出现在“ 反向翻译”和“ 优化密码子”的选项中 操作。

请注意，Geneious从这些格式导入了Number列，然后重新计算了其他列，因此，由于四舍五入的关系，其值可能与源数据库不同。特别是，Kazusa数据库的分数始终为0，但Geneious通过从Number重新计算来填充其值。