如何为CRISPR设置脱靶数据库？

Geneious Prime 中的“查找 CRISPR 位点”功能将针对序列数据库搜索脱靶结合位点。为此，您需要创建一个数据库，其中包含您希望针对脱靶结合进行测试的序列——这通常是您感兴趣的生物体的整个基因组，但也可以包括其他序列，例如靶向载体。

为此，您需要在 Geneious 中创建一个新的空文件夹，并将要测试的序列导入到该文件夹中。由于研究人员可能希望测试的基因组种类繁多；基因组序列可能非常大；并且可能会发布新版本的基因组组件，Geneious 不包含任何完整基因组序列的内置副本。可以使用 Geneious 中 Sources 面板底部的“NCBI”文件夹直接从 NCBI 下载基因组（这是 Geneious 左侧的面板）。常用研究的基因组（例如，人类、斑马鱼和大鼠基因组）也可以使用 Geneious 中“示例文档”中“基因组”文件夹中的链接从 NCBI 下载。基因组也可以从其他来源下载并使用常见文件格式导入到 Geneious。这个脱靶序列数据库可以是任何大小，可以包含任何序列，尽管这个数据库越大，搜索 CRISPR 位点所需的时间就越长。

在“查找 CRISPR 站点”设置中，单击“脱靶数据库”旁边的按钮，然后在 Geneious 中选择包含脱靶序列的文件夹。