如何针对我自己的序列或不属于NCBI的数据库进行BLAST？

您可以使用 Geneious 数据库中已有的序列或从其他地方下载的序列的 FASTA 文件设置自定义 BLAST 数据库。  您首先需要在工具→添加/删除数据库→设置搜索服务下设置自定义 BLAST 服务。  要创建自定义数据库，请使用工具→添加/删除数据库→添加序列数据库。  Geneious Prime 用户手册有关于如何设置的更多详细信息。  

请注意，如果您希望从 Geneious 之外的 fasta 文件创建预格式化的 BLAST 数据库，您还可以使用 makeblastdb 命令从命令行运行 BLAST+ 可执行文件。  然后将创建的格式化的 BLAST 数据库文件（每个数据库将有多个文件）放入在您设置自定义 BLAST 时在您的 Geneious Data 文件夹中创建的 BLAST/data 文件夹中，重新启动 Geneious，新数据库将出现在您运行自定义 BLAST。  但是，如果数据库是使用 makeblastdb 手动格式化的，则结果对齐将没有注释。如果它是从 Geneious 中格式化的，那么会创建一个带有注释的额外文件，以便 Geneious 可以在搜索后将它们放回对齐中。