是否将树元数据分配给分支或节点是否重要？

系统发育树经常包括与树的内部节点或分支相关的信息。例如，以下爬行动物的系统发育具有与其分支相关的引导值，并且在内部节点上具有更高的分类学级别名称（例如，羊膜动物、主龙）。

此信息可以包含在 Nexus 和 Newick 纯文本树文件中。  但是，这些格式不区分应显示在内部节点上的值和应与内部分支关联的值。因此，当您将这些格式导入 Geneious 时，系统会要求您指定是将属性视为分支支持值还是节点标签。

为分支或节点分配支持值的效果

正确地生根树通常是创建或导入树后的第一步，因为由于大多数树推理方法的性质，根的初始位置通常是任意的。  由于与内部节点和分支关联的值在树重新生根时表现不同，Geneious 需要知道这些值是节点支持值还是分支标签，以便将它们正确放置在重新生根的树上。

例如，考虑以下灵长类动物树。左边 (a) 的树已经任意植根于人类分支而不是其他哺乳动物分支。  请注意，将人类和黑猩猩与其余分类群分开（分支）的引导支持值为 85%，尽管根的位置具有误导性，但代表对人类 + 黑猩猩进化枝（Hominini）的支持。  通过将引导支持值视为分支支持，当树在右侧 (b) 树中的其他哺乳动物分支上重新扎根时，85% 的引导值正确地保留在将人类和黑猩猩与其他分类群分开的分支上，现在位于 Hominini 节点旁边。

如果我们将引导程序支持视为与节点相关的值，则重新根植树会将引导程序值与错误的节点相关联，如下面的树所示。在这种情况下，85% 的 bootstrap 支持值出现在 Great Apes 节点上，给人的印象是它代表了对错误进化枝（即 Great Apes）的支持，而不是 Hominini。