Geneious Prime可以组装PacBio或Minion数据吗？

PacBio测序仪产生两种类型的数据。  PacBio CCS（循环共识序列）数据质量相当好，我们建议在Geneious Prime中进行组装。  Geneious中的“映射到参考”算法可以很好地处理这些读数，但是对于从头汇编，我们建议将高级设置“最大间隙大小”更改为至少5。  Geneious R10和更高版本包含的改进可通过PacBio CCS数据产生更好的结果。  

PacBio CLR（连续长读）和类似的Oxford Oxford Nanopore Minion数据具有更长的读取时间，但质量低得多。  由于错误率很高，因此无法使用Geneious汇编程序可靠地汇编这些读取。However, different data sets tend to vary greatly in quality to the point where some data sets are quite usable for map to reference yet other data sets have quality so low that they are unusable with the Geneious assembler.  

从 Geneious Prime 2020 开始，可以使用用于组装 PacBio 和 Oxford Nanopore 数据的插件。  Minimap2 （适用于 Prime 2020.0+）是一种流行的参考映射器，推荐用于嘈杂的长读取数据。  Flye （可用于 Prime 2020.1+）是用于单分子测序读取的从头组装器。  

对于 PacBio 或 Nanopore 数据与 Illumina 数据的混合组装，我们建议使用 SPAdes，有关详细信息，请参阅此帖子。  

请注意，Geneious无法导入Minion fast5格式。  您可以使用Poretools将fast5转换为fastq（请参阅 http://poretools.readthedocs.org/en/latest/ ）。 然后可以将转换后的fastq数据导入Geneious。