如何BLAST到预先格式化的NCBI数据库的本地副本？

您可以使用 Geneious 中的自定义 BLAST 从 NCBI BLAST 到预格式化 BLAST 数据库的本地副本。  

要设置 BLAST 可执行文件，请转到工具→添加/删除数据库→设置 BLAST 服务→自定义 BLAST。选中“让 Geneious 进行设置”，然后单击“确定”。  您的 BLAST 文件夹应该在您的 Geneious Data 文件夹中创建，该文件夹通常位于您的用户目录中。  

预格式化的 NCBI BLAST 数据库可从此链接https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/ 获得。这些数据库包括大部分可以在Geneious中使用NCBI BLAST功能BLAST的数据库，例如nr/nt、EST、refseq、16S Microbial和环境样本。 

要在 Geneious 中将预格式化的数据库与您的自定义 BLAST 安装一起使用，请下载 tar.gz 文件并解压缩这些文件。  每个 tar.gz 文件包含 8 个文件，这些文件必须放在您设置自定义 BLAST 时在 Geneious Data 文件夹中创建的 BLAST/data 文件夹中。  下面的屏幕截图显示了自定义 BLAST 数据文件夹中提取的 NCBI 16S 微生物数据库文件的示例。  

然后重新启动 Geneious，当您单击 BLAST 时，预格式化的数据库现在应该显示在自定义 BLAST 数据库列表中。  

如果您希望使用的数据库有多个卷（例如refseq_genomic.00 、 refseq_genomic.01等）。然后您必须下载并解压缩所有卷。这些文件必须全部直接放在 BLAST/data 文件夹中，而不是在子文件夹中。在提取的文件中，会有一个后缀为 .pal 或 .nal 的文件。需要此文件将各个卷链接到单个数据库中（只需要该文件的一个副本）。 

请注意，由于 nr 和 nt 数据库很大，我们不建议尝试在标准个人计算机上将这些数据库的本地副本 BLAST。您会发现它比 NCBI 慢很多倍，因为在 NCBI 中，BLAST 计算被拆分为高性能服务器上潜在的 1000 个内核。  作为替代方案，我们建议在 AWS EC2 实例上设置云 BLAST。这篇文章提供了有关从 Geneious Prime 链接到云 BLAST 的说明。