我可以在与参考对齐的单个序列上调用SNP吗？

The Geneious Prime Variant caller, accessed via Geneious Prime menu Annotate & Predict - Find Variations/SNPs..., is primarily designed to call statistically validated variant positions based on an assembly of reads against a reference.这是因为与参考序列组装的多个序列均预期是来自同一基因组的“读段”，因此贡献相同的SNP信息。

Variant调用者可用于识别变异位置，以用于共有序列和参考序列的比对。但是，在这种情况下，您应该始终仅比对或组装两个序列，即参考序列和共有序列，然后在成对比对/组装中调用SNP。

映射到参考装配

如果您的参考序列和共有序列紧密相关，并且没有明显的插入/缺失或重排，那么您可以使用“将参考映射到”汇编器将它们对齐。Select your reference and a single consensus "read" sequence and run Align/Assemble - Map to reference.如果成功，将输出一个汇编文件。  确保在“要引用的地图”中指定Geneious Mapper ，Geneious Prime中可用的大多数其他映射器将无法处理较大的输入“读取”序列。

成对对齐

至于到参考装配的映射，请确保您的参考序列和共有序列紧密相关，并且没有明显的插入/缺失或重排，那么您也可以将它们与成对的比对器对齐。对于较长的序列，请考虑安装和使用MAFFT对齐器（作为插件提供），因为这是Geneious Prime中最快的对齐器。

如果已使用成对比对器创建了两个序列的比对，则在调用变体/ SNP之前，您需要定义参考。  为此，选择比对文件，右键单击比对中的参考序列名称，然后选择“ 设置为参考序列”，然后保存。 

识别变体/ SNP位置

Once you have created reference/single consensus sequence alignments or assembly files, you can then select each alignment and go menu Annotate & Predict - Find Variations/SNPs....

确保取消选中与统计验证相关的选项，如下所示，因为这些选项仅适用于原始序列读取的程序集。 

识别出的所有SNP都将添加到与参考序列关联的轨道中。保存时，请确保选择将更改应用于原件 。然后将SNP轨道添加到父参考序列。

如果您有多个共有序列，则将每个序列与参考分别比对，并为每个序列装配调用SNP。每次保存时，新的SNP音轨都会添加回父参考序列。

分析大量序列

您可以使用工作流自动执行上述过程。  随附的“每个样本SNP”工作流程（与R11.0.3或更高版本一起使用）以参考和序列选择（或序列列表）为输入，对参考进行每个序列的成对组装（将它们保存到子文件夹中） ），然后调用SNP轨道并将其添加到程序集和链接的参考序列中。

要使用工作流，请先下载，然后将附件的工作流文件拖放到Geneious中以导入它。Then select your reference, and input sequences and go Toolbar - Workflows - SNPs per sample, define which input sequence is the reference then hit OK to start the assembly and SNP analysis.

工作流程完成后，选择参考序列以查看新的SNP轨道。

要查看SNP调用的详细信息，请切换到“注释”表。选择类型 ：多态， 轨道 ：全部，然后使用“列”按钮显示“ 轨道名称 ”列。