如何将注释文件导入Geneious Prime?

GFF、BED 和 VCF 是常用的注释文件格式。  GFF 和 BED 文件通常包含基因和其他序列特征,而 VCF 文件用于变异调用数据。  由于这些文件通常不包含序列,因此您必须提供将注释导入到的序列。 

为此,您可以在导入注释文件的同时从 fasta 文件中导入序列,也可以将文件导入到 Geneious 数据库中的现有序列中。 

导入注释文件时,系统将通过以下两种方式之一提示您输入序列:

1如果有同名的 fasta 文件,并且与注释文件位于同一文件夹中,Geneious 会询问您是否也希望导入此文件。  

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2  如果 Geneious 在文件夹中没有找到匹配的 fasta 文件,它会询问你想从哪里获取序列:  

Screen_Shot_2017-08-17_at_1.50.05_PM.png

如果您已经在 Geneious 中拥有序列并在导入注释文件之前选择了序列文档,请选择使用所选序列之一。  

如果您尚未选择序列,但位于包含序列的文件夹中,请选择在此 Geneious 文件夹中查找具有相同名称的序列。  

如果您拥有 fasta 格式的序列,而 Geneious 尚未提供导入该文件的功能,请选择从文件导入序列。  

如果 Geneious 找不到匹配的序列,它将使用 ?对于所有基地。  

请注意,序列名称与注释文件中的序列 ID 匹配至关重要,否则 Geneious 将无法确定将注释导入到哪个序列。 

您还必须确保将文件导入到用于生成注释的同一序列中。  例如,如果您有一个用于人类基因组构建 GRCh37 的 GFF 文件,那么您必须使用此版本而不是 GRCh38。  如果您使用错误的参考序列,注释可能位于错误的位置。  

导入文件后,注释将在序列文件中显示为轨道。  如果您看不到轨道,请在查看器右侧的注释和轨道选项卡下检查它是否已启用。

 

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