如何根据序列快速测试许多引物？

当引物很多时，测试过程可能会花费很长时间，尤其是在使用简并引物或成对测试引物时。成对测试使用许多引物可能特别慢，因为Geneious必须测试所有可能的组合。  这样可以将需要几秒钟的任务变成要花费数小时的任务，因此，如果不需要，请关闭成对测试选项。

如果要在运行实际的引物测试工具之前进行快速筛选以鉴定与您的序列匹配的引物，最好的选择是“映射到参考”工具。  这是一个短读汇编程序，可以处理不匹配并将整个短读与参考对齐。  要将其用于测试引物，请选择您要测试引物的序列作为参考序列（要做多个序列，需要将它们合并到序列表中），然后选择引物序列作为读段，然后进行培养基设置部件。这会将所有可以匹配的引物映射到参考上，同时保留不匹配的区域。请注意，它将使与另一链匹配的补体读数反向，因此您需要参考引物注释以查看引物序列。If you want to check that primers don’t match in multiple locations, be sure to switch to ‘Custom Sensitivity’ and turn on the ‘Map multiple best matches’ option in the ‘More Options’ section.

BLAST is not a good option for testing primers for reasons described under “Can I BLAST primers or short sequences” in the BLAST section.