使用NCBI Sequin完成您的Geneious GenBank提交

Geneious GenBank提交工具基于NCBI BankIT工具（ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/?tool=genbank ）。 

根据NCBI针对BankIT的建议，

我们建议您在以下情况下使用Geneious GenBank提交工具：

• 您只有一个序列，或一组简单的相关序列（例如：16S rDNA，ITS / rRNA或COI集），或一小批不同的序列
• 序列的特征注释并不复杂

NCBI recommend you use their stand alone Sequin (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/) application if:

• 您有一个或多个复杂的序列
• 您需要图形查看和编辑选项，包括路线编辑器
• 您希望可以通过网络访问相关的分析工具

如果您要在Geneious中准备更复杂的序列以供GenBank提交，则可以选择从Geneious导出您的提交草稿，并使用Sequin验证并完成提交。  

去做这个：

1. 首先在Geneious中准备一个或多个带注释的序列。
2. 将适当的注释和限定符添加到序列中的所有功能。
3. 通过“序列查看器”的“信息”选项卡将特定于GenBank提交的元数据添加到序列中（有关说明，请参阅GenBank提交教程http://www.geneious.com/tutorials/genbank-submission ）。
4. Select your sequence(s), go menu Tools - Submit to GenBank.  
1. 单击编辑发布者详细信息，然后输入所有必需的发布者相关信息。
2. 如果要提交多个序列，请设置提交类型。
3. 使用下拉菜单将GenBank特定的元数据（国家/地区，样本凭证，序列ID等）映射到适当的字段。
4. 设置适当的分子类型，遗传密码和遗传位置的字段。
5. Select the option “Include Features/annotations”.
5. 最后，选中“ 保存本地文件（.tar） ”选项，然后单击“确定”。  不要选择上传或更新提交。

GenBank提交插件将解析您序列上存在的所有注释/限定词。  If your annotations do not comply with prescribed NCBI feature definitions (see http://www.insdc.org/documents/feature_table.html) , then you will get an “Invalid Feature Type” error similar to that shown below:  

检查并更正序列上的所有注释/限定符，以使其符合NCBI规则。  然后尝试再次另存为.tar文件。  可以使用常见的存档解压缩实用程序（例如Windows的7-zip，只需在Mac上双击该文件）即可解压缩此.tar文件。  

.tar文件将解压缩以生成.asn文件，可以使用NCBI Sequin（ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/ ）直接打开该文件。  要在 Sequin 中打开 .asn 文件，请打开 Sequin 并选择Read Existing Record，然后从选择器中选择文件。  

将显示所有GenBank提交信息，包括特定于Genbank提交的元数据，发布者和出版物的详细信息，以及您在Geneious中添加的所有注释信息，并可以在Sequin中进行进一步编辑。  有关如何使用Sequin的更多信息，请查阅Sequin手册。

Within Sequin, you can use menu Search - Validate to check your submission meets NCBI specifications.Once you data is ready for submission use menu File - Prepare submission.  这将输出一个提交文件（.sqn格式），该文件可以通过电子邮件发送给NCBI（Sequin将提供有关将.sqn文件发送到何处的信息）。

At this point if you wish you can use File - Export GenBank to prepare a GenBank flat format sequence that can be imported back into Geneious for viewing.

请注意，如果使用Geneious GenBank提交工具，当前无法指定提交发布日期。   If you choose to complete your submission with Sequin you can use menu Edit - Edit Submitter information to specify the release date for your sequence.