哪个地图引用汇编算法最适合我的数据？

Geneious中提供了许多映射器。某些映射器未与Geneious捆绑在一起，但可以从Tools-> Plugins作为可选插件安装。最好使用的映射器可能取决于您的数据。以下是一些映射器的优缺点的简要概述。

Geneious

 优点：

• 快速
• 高灵敏度
• 迭代模式可扩展参考序列的末端并在插入缺失周围正确映射读取末端
• 可以发现结构变体
• 支持循环参考序列（围绕原点正确映射）
• 支持软修剪的读取
• 可以将现有的比对和从头开始的重叠群映射到参考序列
  在映射过程中提供进度

对RNA Seq有用

当将RNA序列读数映射到具有内含子的基因组时，请使用此选项。

优点：

• 可以映射跨越现有带注释内含子的读段
• 可以发现新颖的内含子，并在这些新颖的内含子周围正确定位阅读末端
• 可以发现融合基因
• 在映射过程中提供进度

 缺点：

• 新的内含子和融合基因发现有点慢

BBMap

优点：

• 快速
• 高灵敏度

Minimap 2 （可作为Geneious Prime 2020及更高版本的插件使用）

优点：

• 处理嘈杂的长时间读取数据（PacBio，Minion）
• PacBio或Nanopore cDNA或Direct RNA的剪接感知比对读取至参考
• 被广泛使用的
• 快速

有关更多信息，请参见https://github.com/lh3/minimap2/blob/master/README.md

Bowtie2 (插件可用)

优点：

• 低内存使用
• 被广泛使用的

Tophat RNA Seq （作为插件提供）

优点：

• 发现新颖的内含子
• 被广泛使用的

缺点：

• 在Windows上不可用