我可以BLAST引物，短DNA序列或多肽？

当通过 NCBI 网站爆破引物或肽时，它会自动检测到查询是短序列 (<31) 并自动调整搜索参数。Geneious 不会这样做。  但是，您可以更改 Geneious 中的默认 Blast 设置以改进具有短 DNA 或蛋白质序列的 Blast。

爆破短 DNA 序列

下面的屏幕截图显示了您应该使用的 Blast 设置来匹配 NCBI 用于 DNA 序列的设置。  这些设置与 NCBI Blast 网站在对 30 个或更少核苷酸的短 DNA 序列进行爆破时使用的设置相匹配。

更改默认设置后，单击 Blast 设置窗口左下角的齿轮并选择“保存当前设置”以创建可用于其他短 DNA 序列的配置文件。

用户应该意识到在搜索短序列时 BLAST 存在问题。Blast 不能保证在数据库中找到所有出现的短序列。从统计上讲，即使将字长设置为 7（DNA 搜索的最小值），BLAST 在处理 20bp 的序列时通常也会错过 40% 的可能命中。   除了可能会丢失大部分可能的匹配项之外，Blast 产生的任何匹配项都将是局部对齐而不是全长匹配。 

如果由于“使用保存的引物测试”计算量大而想要使用已保存引物进行测试的替代方法，我们建议使用映射到参考函数而不是 Blast。Map to Reference 函数针对短序列匹配进行了优化。 

请注意，如果引物具有 5' 延伸，则应正确注释到序列上。  Geneious 会在引物测试时忽略延伸区域。如果不这样做，底漆将不匹配。 

 爆破短蛋白序列

下面的屏幕截图显示了您应该使用的 Blast 设置。  这些设置与 NCBI Blast 网站在 Blast 肽序列为 30 aa 或更少时使用的设置相匹配。

更改默认设置后，单击 Blast 设置窗口左下方的齿轮并选择“保存当前设置”以创建可用于其他肽序列的配置文件。