我可以在组装中使用多个参考序列吗？

是汇编程序可以处理多个参考序列，但是在汇编之前需要将它们组合到序列表文档中。使用序列→将序列分组到列表中来执行此操作。然后选择此列表作为参考序列。然后，Geneious将在单个操作中针对所有引用尝试所有读取。  

如果要将所有读取映射到单独的程序集中的每个参考序列，请使用工作流程“将读取映射到每个参考序列”。  This is available under Tools-Workflows. 

如果您有很多较短的参考序列，请考虑使用串联工具将它们组合为单个序列，每个序列之间有N个间隔。  这样可以避免出现打开文件句柄用尽的情况，并且只会产生一个单独的contig文档，而不是很多文档（有关更多信息，请参阅本文 ）