为什么我的对齐需要这么长时间？

这通常是因为您为数据集选择了不合适的对齐算法。标准的 Geneious 对齐器基于动态编程，当出现长序列或大序列集时会很慢。在大型多重对齐的情况下，您应该查看 MUSCLE 或 MAFFT 而不是标准的 Geneious 对齐器。在大多数情况下，这些速度要快得多，而且仍然非常准确。对于比对基因组，您应该使用 Mauve Genome Alignment 插件，该插件旨在处理基因组比对可能具有的倒置和重复区域。  有关多重对齐算法的更多信息，请参阅此文章。 

将许多引物与一组序列比对也可能很慢。  'Test with Saved Primers' 应该用于此，但如果引物具有高水平的简并性并且您正在针对大量序列进行测试，这也可能非常慢。有关可能的解决方案，请参阅引物部分。