如何在Geneious Prime中构建系统发育树

系统发育树用于推断序列之间的进化关系。  Geneious可以使用距离，最大似然或贝叶斯方法构建系统发育树。  本指南介绍了在Geneious中构建树和操作树查看器的基本步骤。  

在开始构建树之前，您应该熟悉 树构建 的原理 以及每种方法的优点和缺点。 下面的评论是一个不错的起点。

Molecular phylogenetics: principles and practice, Nature Reviews Genetics 13, 303314 (2012).doi:10.1038/nrg3186

 

1序列比对

在构建系统发育树之前，需要先比对序列。  To do this, select all your sequences and choose Align/Assemble - Multiple Alignment.  该链接 提供了有关可用算法的指南。  

对对齐感到满意后，选择它并单击“ 树” 以打开树构建选项。 

2  选择树构建器和参数

在树构建选项的顶部，您将看到可用的树构建算法。  这包括内置的Geneious Tree Builder（和Consensus Tree构建器）以及您已安装的所有插件。  

Geneious Tree Builder使用Neighbor-Joining或UPGMA方法生成距离树。  此外，以下插件可用于产生最大似然，简约或贝叶斯树：

PHYML- 最大可能性

RAxML- 最大似然，针对大型数据集进行了优化

Garli- 最大可能性

FastTree- 极大数据集的近似最大似然

PAUP* - Parsimony or maximum likelihood (requires your own copy of PAUP*, either version 4.0b10, or 4.0a149 and above from here)

MrBayes -贝叶斯分析

有关最大似然树生成器的更多信息，请访问 此链接 。

每个树构建器都有一个不同的接口来指定演化模型和其他参数。  我们建议您查阅每个树生成器的用户手册，以熟悉可用的选项。  您可能还希望使用 Geneious之外的 Modeltest 之 类的程序 在构建树之前为您的数据确定最佳模型。

 

3运行树(跑一下你的树)

单击“确定”开始构建树。  生成树所需的时间将根据您选择的算法，对齐方式的大小以及您选择的参数（例如引导复制的数量）而有所不同。  距离树通常相当快地完成（在几分钟之内），但是最大可能性和贝叶斯树可能要花费数小时甚至数天才能运行。

 

4查看你的树

当树完成运行后，将创建一个新的树文档，该文档将在查看器中自动打开。  默认情况下，即使无树，Geneious也以矩形（有根）布局显示树。Options for circular or radial formats can be found under the General tab, along with the Zoom controls.  

如果要使树生根，请单击要指定为分类组的分类单元的节点，然后单击 “根”。  要在不更改拓扑的情况下垂直翻转分类单元的位置，请使用 “Swap Siblings” 选项。

查看器顶部的控件还包含用于为树着色和设置字体大小的选项。  要为整个进化枝着色，请选择进化枝底部的节点，然后选择 “着色节点”。

要查看树的基础路线，请单击查看器上方的“路线视图”按钮。在树形视图中进行的更改也将反映在“对齐视图”中。  例如，如果您在“树状视图”中为节点着色，则它们也将在“路线视图”中着色。  “比对视图”中序列旁边的蓝色箭头表示这些序列已链接到原始源序列。  这意味着对源序列所做的任何更改（例如，编辑名称）都将传播到比对和树中，而在树上进行的任何更改都将传播回源中。