在Geneious Prime中开始使用微卫星

Geneious微卫星插件可以分析来自ABI片段分析仪的微卫星痕迹。  本指南介绍了如何以表格格式查看迹线，梯形图，峰形，预测箱并显示等位基因。  

要安装微卫星插件，您必须使用Geneious R7或更高版本。  您可以从Geneious的“插件”菜单中安装插件，也可以从我们的插件页面下载并将.gplugin文件拖到Geneious中进行安装。

导入数据并查看跟踪

Import your .fsa files by either dragging and dropping them into Geneious, or using Import → from Multiple Files under the File menu.选定的迹线将显示在查看器中。  

查看器右侧的控件使您可以放大和缩小迹线，控制显示哪些染料以及查看峰标签，峰调用和仓位。  

检查你的梯度Ladder

Geneious将使用梯度Ladder图峰之间的距离来确定您使用的梯形图。  梯度Ladder必须位于迹线的最后一个染料中，否则将无法识别。但是，有时您需要先编辑梯度Ladder图峰，然后才能调用正确的梯度Ladder图。  This post describes what to do if Geneious doesn’t recognise your ladder.  

在此阶段，您还应该设置大小调整方法-这是用于将轨迹的x坐标转换为碱基对的算法。  推荐使用三阶最小二乘或局部南部。

设置您的轨迹

Set up your locus document by selecting all your traces and clicking Locus Info.  

输入每种染料的重复单位和PCR产物大小范围。  如果您正在研究二倍体生物，则预期的峰数应为2。  对于多倍体生物，您可以将该数目增加到该生物具有的同源染色体的数目。  输入完此信息后，单击“确定”，然后单击“保存”并为您的场所文档命名。

然后，您应该看到您的场所文档出现在文档表中，它将自动应用于所有选定的迹线。  If you want to apply an existing locus document to a new set of traces, select your traces and choose the locus document from the “Loci” dropdown menu to the right of the viewer.

检查你的峰

在此阶段，最好检查是否有任何峰峰值或不正确调用的峰，然后将其删除。  

预测仓位

要基于观察到的峰的大小创建仓位，请单击“ 预测仓位”， 然后选择您使用的每种染料。 If you wish, you can specify an “example allele” to anchor the bin to.  Binning根据您在轨迹文件中提供的重复单位信息将峰分类为等位基因大小，从而使您能够考虑样品之间的微小差异。    

查看和导出结果

选择 等位基因表 以表格格式查看您的等位基因。 等位基因表显示每个等位基因的仓位等位基因大小，如果没有峰或落在仓外的峰，则发出警告。  

The “no peaks” warning generally means that no product was amplified in that sample.  

如果您有未合并的峰刚好位于bin边界之外，请转到受影响的跟踪文档，然后仅打开具有未合并的峰的染料。选择峰应位于的仓位，然后选择“ 编辑仓位” 并扩大范围，或只是拖动仓以包括峰。 如果峰位于仓边界之外，则可能需要考虑是否正确调用了峰。

当您对等位基因调用感到满意时，可以通过单击“ 导出表” 按钮 以.csv格式导出等位基因表 。