Geneious Prime可以处理RNA-Seq数据吗？

是的，Geneious Prime 可以使用 Geneious RNA组装程序（Geneious R9 以后）将 RNA-seq 读数映射到基因组参考序列。该组装器可以发现新的内含子并在这些新的内含子周围正确映射读数的末端，或者它可以通过CDS、mRNA 或参考序列上的连接注释将读数映射到内含子。  该组装器还将发现融合基因。

Geneious 还有一个用于Tophat RNA-seq 映射器的插件，它适用于 Geneious 7.0 及更高版本。 

对于转录组从头组装，我们建议使用SPAdes ，它可在从头组装选项下获得。  要在 RNA 模式下运行，请选择 RNA 作为数据源。  有关 SpadesRNA 的更多信息，请参阅本文。  我们不建议使用 Geneious 组装程序进行从头转录组组装。  

Geneious R8 及更高版本包含用于数字基因表达分析的工具，允许您在单个样本的参考映射上计算标准化表达测量 TPM、RPKM 和 FPKM，并比较两个样本之间的值（有或没有重复）以找到差异表达的基因。要计算单个样本的 TPM、RPKM 和 FPKM，请选择您的参考程序集并转到“注释和预测”菜单下的“计算表达水平”。结果显示为参考序列上的热图注释轨迹。 

要比较两个样本条件之间的表达水平，您可以使用 Geneious 表达分析工具，或者如果您对每个条件都有重复，请使用DESeq2的 Geneious 实现。这些选项在“注释和预测”菜单中的“比较表达水平”下可用。要比较两个样品，您必须首先在每个样品重复（必须具有相同的参考序列）的参考组件上运行计算表达水平，然后单击保存以将结果跟踪应用到参考序列文档。然后选择参考序列并运行比较表达水平。

我们的网站上提供了表达分析的教程。有关这些选项的更多信息，请参阅Geneious 用户手册。