如何设计克隆引物？

设计克隆引物时，通常需要使引物准确位于CDS的末端。例如，这对于执行网关克隆至关重要。

从Geneious R8开始 ，Design New Primers工具提供了一个选项，可以精确地在选定区域的末端设计引物。  要使用此功能，请选择CDS批注，打开“ 设计新入门”，然后将“ 任务”更改为“ 精确” 。  勾选“包含区域”框，然后应自动使用CDS的坐标填充该框。  更改对数以返回到“ 1”，这将产生单个引物对，可扩增整个CDS。  可以在底漆设计过程中添加所需的任何5'扩展名，方法是打开“设计新引物”中的“ 高级”选项卡并指定所需的5'扩展名，如下面的屏幕快照所示。 

在Geneious Prime中 ，还可以在序列的特定位置手动创建新引物。  要使用此功能，请选择要结合引物的碱基。  您应该看到一个浮动的选择提示 ，其中显示了所选核苷酸的长度和Tm 。If you are satisfied with the position and Tm of the selection then you can click the Add Primer  button to open the Add Annotation dialog.

将打开“ 添加注释”对话框，其中包含适用于创建新引物的设置。然后，您可以给引物命名 ，设置引物方向 ，如果需要，可以添加5'扩展名。  由Primer3计算的引物详细信息显示在对话框的“ 特性”部分中，以便您可以确认引物适合您的预期应用。