为多个用户设置共享BLAST

目前最简单的设置共享BLAST数据库供多个用户访问的方法如下:

1网络驱动器上的 Geneious "Custom BLAST"

如文章如何将 BLAST BLAST 到预先格式化的 NCBI 数据库的本地副本中所述,可以轻松设置 BLAST 可执行文件的本地副本以搜索您需要的任何数据库的本地副本。这种方法可用于通过简单地将 BLAST 可执行文件和相关数据放在网络驱动器上来创建共享数据库。

然后,每个用户都可以按照相同的说明设置自定义 BLAST 以访问数据库。他们的 CPU 将完成这项工作,但该数据将被集中。不过,这可能会导致网络性能问题,您需要处理所有权并确保您的用户不会尝试自己添加数据库。

通过从命令行运行 BLAST+ 可执行文件并使用 makeblastdb 命令,也可以在 Geneious 之外创建 BLAST 数据库。  然后将格式化的 BLAST 数据库文件放入其他自定义 BLAST 数据库所在的 BLAST/data 文件夹中,Geneious 用户在运行自定义 BLAST 时将能够看到它们。  请注意,如果数据库是使用 makeblastdb 手动格式化的,则结果对齐将没有注释。如果它是从 Geneious 中格式化的,那么会创建一个带有注释的额外文件,以便 Geneious 可以在搜索后将它们放回对齐中。

 

2网络驱动器上的原始数据库文件

另一种方法是为用户提供一组 FASTA 格式的序列,他们可以在自己的机器上创建自定义 BLAST 数据库。  您可以根据需要更新这些,但您需要确保用户在每次更新时重新创建他们的数据库。 

 

 

 

 

译者水平有限,译文可能有瑕疵,以英文为准!
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