成对/多重对齐，从头组装和映射到参考之间有什么区别？

当您要确定跨越同一基因或基因组区域的一组序列之间的同源性时，应使用成对/多重比对。该功能旨在最小化缺口并最大化序列之间的整体同源性。因此，成对/多重比对不适合将短序列组装成一个较长的序列，或将引物组比对较长的序列，因为它会尝试将所有序列相互重叠以最小化比对的间隙，可能会产生错误的结果。   

当您希望将DNA序列的重叠片段合并成更长的重叠群时，使用汇编是正确的功能。也可以使用已知的参考序列协助装配（映射到参考），也可以不使用参考序列（从头装配）来完成。  从头汇编通常比“映射到参考”要消耗更多的计算资源，并且可能需要大量RAM。