How do I assemble paired reads?

配对末端测序中的读取文件需要在Geneious中进行配对，然后才能在汇编中使用配对信息。  This can be done using the Set Paired Reads option under the Sequence menu.  例如，如果您有两个FASTQ文件，一个具有正向读取，一个具有反向读取，则应选择两个文件，转到“设置成对读取”，然后选择适当的设置，例如，成对之间的预期距离。  这将生成一个新的成对的读取文件，其中包含链接的读取。  

Note that the paired distance you set does not need to be exact for all reads.  如果您有一定范围的插入尺寸，则应将其设置在该范围的中点。  Geneious仍将汇编低于或超过预期距离的读取，但配对信息将用于帮助汇编程序解决复杂的放置问题。 

From R11 onwards, you will be prompted to set paired reads during the file import process if Geneious detects that your fastq files are likely to contain paired reads.