如何删除对齐中的所有间隙？

在 Geneious R10 及更高版本中，可以使用工具菜单下的掩码对齐功能从对齐中删除包含间隙的位点。此工具提供了在现有文档中对这些区域进行注释的选项，或者创建删除这些站点的文件副本。

在Sites contains选项下，可以使用以下选项指定要从序列中删除的间隙类型：

• 所有间隙：将掩盖或去除所有仅包含间隙的站点。包含间隙和残留物的站点将被保留。
• Gaps (%):屏蔽或去除至少包含指定百分比的间隙（包括）的所有站点。包含少于此百分比间隙的站点将被保留。
• 任何差距：屏蔽或剥离包含至少一个间隙的所有站点。

如果您选择Annotate sites as Masked ，您将看到一个单独的注释出现在您的文档中。此注释告诉您这些站点已被屏蔽以及已执行的屏蔽类型（以下示例中的任何空白）。 

然后可以通过在树构建菜单中指定排除掩蔽位点，从系统发育分析中省略这些掩蔽位点。

如果您选择保存为删除了间隙的副本，那么您可以直接使用新保存的副本文档来创建您的树，而无需指定排除屏蔽站点。

在 Geneious R9 及更早版本中，此功能位于Tools -> Strip Alignment Columns 下。此功能不允许您使用屏蔽站点对现有文档进行注释，而是会根据您指定的设置自动创建您的对齐副本，并删除间隙。