我可以使用 Illumina 和 PacBio/MinION 数据进行混合组装吗？

可以使用 SPAdes de novo 组装器使用来自不同测序技术的数据在 Geneious 中执行混合组装。当同时选择来自长读长（Nanopore 或 PacBio）或短读长（Illumina）测序技术的数据集作为输入时，SPAdes 将自动以hybridSPAdes模式运行。  

为了使其工作，您需要首先为每个数据集指定读取类型。这可以在导入文件时完成，也可以在之后使用Sequence ->Select Read Technology... 进行设置。

设置读取技术后，您可以在文档查看器的“读取技术”标题下看到它显示出来，如下所示。

然后，您可以通过选择多个文档并转到“对齐/组装”>“从头组装”菜单来运行从头组装。选择 SPAdes 作为您的汇编程序，这将显示以下菜单：

对于混合组装，数据源应设置为多细胞或单细胞（混合数据集不支持宏基因组、RNA 和质粒设置）。 

在方法下，可以选择您是否希望将错误校正步骤包含在您的程序集中。请注意，纠错仅适用于 Illumina 读数。 

指定小心模式将尝试减少程序集中的不匹配和插入缺失的数量。这还将运行 MismatchCorrector，这是一种后处理工具。

可选的：如果您希望将来自另一个程序集的一组重叠群包含在您的数据集中，您可以将它们添加为 Trusted 或 Untrusted contigs。  只应指定来自同一基因组的重叠群。  可信的重叠群是高质量的重叠群，而不可信的重叠群可能有更多的错误或质量未知。  

根据您的数据集更改从头装配菜单中的设置，然后选择确定以运行装配。