PluginUtilities 使用流导入文档

嗨，詹姆斯，

目前没有一种方法可以从流而不是文件中导入文档。

如果您可以从 GenBank 格式字符串中解析您需要的数据，您可以创建一个 SequenceDocument 并使用 WritableDatabaseService.addDocumentCopy() 将其添加到您的 Geneious 文件夹中，但我猜是将例如 BioJava RichSequence 转换为 SequenceDocument比它的价值更麻烦。

您是否真的发现将 Genbank 记录写入临时文件是一个巨大的瓶颈？你一次移动多少个序列？在实践中，我们发现磁盘 IO 并没有那么受限制，只要它在后台线程中完成即可。

嗨，杰西卡，

非常感谢您的回答。

我尝试返回一个 DefaultNucleotideSequence 对象，该对象由通过解析 genbank 文件创建的 SequenceAnnotation 对象列表构造而成。这适用于提取基本信息，例如特征开始、结束和名称，但提取 genbank 文件中可用的所有复杂信息就像您所说的那样需要大量工作。

我使用临时文件和 importDocuments 方法的测试设置运行良好，并且对于返回约 100 个 genbank 序列的查询来说足够快。我只是想知道如果用户想要浏览更大的结果集，其中序列的数量可能达到数千，这个设置将如何在生产中扩展。

使用数据库服务插件是否可以只返回一个占位符序列列表，其中用户只能看到名称和描述，并且仅当用户单击序列时才加载序列和功能？

谢谢，

詹姆士

嗨，詹姆斯，

您是否知道我们支持用于 Geneious 数据存储的各种数据库系统（包括 Oracle）？将整个内容一次性导入 Geneious 格式的 Oracle（或其他 SQL）数据库可能更有意义。然而...

我们有一个 SummaryDocument 接口，您可以将其实现为您正在谈论的那种占位符。如果您在 Geneious 中打开来自 Genbank 的大序列，您通常会得到一个 SummaryDocument 实例。在 Genomes/Bacteria 下的 Sample Documents 中查看大肠杆菌基因组（在您下载之前，大多数样本基因组序列都是摘要文档）。

但是，您需要自己实现该行为。您甚至可能需要实现自己的 DocumentViewer，具体取决于您希望它的外观。摘要文档通常不会在用户单击它们时下载序列，它们需要用户的某些明确操作（例如，单击“下载序列”按钮）。我相信这个想法是使用 SummaryDocuments 的主要思想是在您下载完整文档时自动替换原始摘要文档。但是我从来没有必要编写自己的 SummaryDocument 实现，所以我不确定这一点，而且我没有太多建议！ 

也就是说，我认为编写一个 SummaryDocument 实现可能是我在不导入整个内容的情况下浏览数据库内容的方式。但这比将整个数据库导入一个 Geneious 格式的 SQL 数据库要多得多。

杰西卡

Hello,

作为对您的初始响应的跟进，是否可以将从流而不是文件中导入文档的功能添加到您的公共 API 的下一个版本中？

关于这个主题，您多久发布一次公共 API 的新版本？下一个什么时候到期？

谢谢，

詹姆士

嗨，詹姆斯，

虽然这是我们希望对 API 进行的改进，但对我们来说，实现起来比看起来要困难得多。我将记录添加流支持的功能请求，但恐怕我们不太可能很快添加它。

每个新版本的 Geneious Prime 都会发布一个新版本的 API。我们没有公开的发布时间表，但您可以从Geneious Prime 发布说明 中很好地了解我们的发布频率。

问候，

理查德