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文件名提取

你好

我需要将质粒序列从我们的 Geneious 数据库迁移到我们新的生物制剂注册系统。此过程的一部分涉及将导出的 .gb 文件与存储在 Excel 文件中的外部元数据进行匹配。所以,我需要在 Geneious 中提取质粒的名称并将它们添加到 Excel 文件中。质粒序列的名称似乎存储在表 string_search_field_value 中,但这些值都是大写的,而实际文件名是大小写混合的。正确的大小写混合文件名是否存储在不同的表中?

谢谢,

沙恩

Shane Flannelly-King

4 条评论

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嗨,谢恩,

您找到的表用于索引目的以加快搜索速度。 

大小写混合的值不存储在单独的列中,因此只能通过解析 XML 片段来使用。  我们不保证此 XML 的格式不会在版本之间改变,但如果您同意,那么您可以从 annotated_document 表的 document_xml 列中获取值。  您正在寻找的元素是:

<override_cache_name>current_document_name</override_cache_name>

干杯,
马修

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那么有没有其他方法可以简单地导出以geneious显示的目录中的文件名(甚至其他属性)?  很多时候我想要一个文件名列表并说出每个文件中的序列数等,这样我就可以计算出版物的一些平均值或根据表型数据等外部资源检查文件名。虽然我可以显示我想在 Geneious 的查看窗格中看到的所有内容,我都找不到将这些信息取回的方法。

罗杰布 0 票
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没关系 - 我想出了如何自己做到这一点。  例如,我制作了一个使用导出功能的快速工作流程。通过点击“文件格式”下拉菜单右侧的“选项”按钮,我发现我可以将我感兴趣的任何属性(包括名称)导出到 .cvs 或制表符分隔,而无需实际导出数据。  选项按钮的位置和标签一样不直观,因为我预计它与文件格式的选项有关,而不是与要导出的内容有关。

罗杰布 0 票
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很高兴你解决了。  抱歉,用户界面令人困惑。

干杯,

马修

马修·张 0 票
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