创建自定义表

您应该使用开发工具包中的 ExampleDocumentViewerPlugin 作为起点。从那里您可以返回一个 JTable 作为查看器组件，并使用DocumentViewer .getIncomingMessageHandler 和 getOutgoingMessageHandler 与其他查看器同步选择。

DU eto DocumentViewerFactory 我被迫使用createViewer(AnnotatedPluginDocument[] arg0)。但我将有效文档定义为 SequenceAlignmetnDocuments。如何再次将 AnnotatedPluginDocument 转换为 SequenceAlignmentDocuments？

SequenceAlignmentDocument 对齐 = (SequenceAlignmentDocument) annotatedDocuments[ 0 ].getDocumentOrCrash() ;

据我所知，这不是我想要的曲目（带有 SNP）。但我想要所有与共识不同的基础，即有色基础。

此外，我不明白将消息处理程序放在哪里。

我有：

public DocumentViewer createViewer(AnnotatedPluginDocument[] annotatedDocuments) {

MyTable myViewer = new MyTable(...);

// myViewer.getIncomingMessageHandler 不包含任何信息。因为它只被调用一次

}

突出显示的碱基由对齐视图计算，不幸的是无法通过 API 访问，您的查看器必须独立确定不匹配的位置。

请参阅DocumentViewerMessageHandler的 Javadoc。您的 DocumentViewer 必须覆盖 getIncomingMessageHandler 方法并返回消息处理程序以接收事件。