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插件文档

大家好,

我只是想使用插件来绘制 CpG 岛。
https://www.geneious.com/plugins/cpg-islands-plugin/

我不太明白,它是做什么的,为什么会有黑线和绿线,还有绿色区域,这是什么意思。我没有找到任何文档或详细的插件说明。

有人遇到同样的问题吗?

真挚地,
弗谢沃洛德·切列帕什金
莱布尼茨神经生物学研究所德国马格德堡
神经可塑性科

弗谢沃洛德·切列帕什金

2 条评论

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以下是有关此插件的更多信息:

CpG 岛使用众所周知的隐马尔可夫模型算法,称为 Forwards/Backwards 算法来计算任何残差在 CpG 岛中的后验概率,并使用从 p 中获取的状态转换参数。 R. Durbin、S. Eddy、A. Krogh 和 G. Mitchison 的 50 条:生物序列分析:蛋白质和核酸的概率模型。剑桥大学出版社,1998 年。

绿色条是最好的全局重建 - 绿色表示 CpG 岛最可能全局分配到序列中的 CpG 岛区域。

黑/绿线是每个站点的对数优势比,绿色表示该站点可能是 CpG 岛的一部分,考虑到所有可能的重建。 

希拉里·米勒(Hilary Miller) 0 票
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非常感谢,现在更清楚了。

弗谢沃洛德·切列帕什金 0 票
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