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真核基因注释插件

我正在使用 Augustus 开发一个用于从头开始基因注释的插件。  我有一个在 Mac OS 上运行的开发版本,我希望在我要求测试人员之前让它在其他平台上运行。  我没有设置用于编译 C 源代码的 Windows 框,也不知道如何设置它。  为 Windows 开发设置的人可以从这里下载 augustus 2.7:

http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/

并为我编译静态二进制文件?

Thanks!

迈克尔·索恩

5 条评论

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实际上,我可能已经能够交叉编译它们 - 但我还没有测试我的可执行文件。

在 Windows 上,我传递给 com.biomatters.geneious.publicapi.utilities.Execution 实例的路径是否需要是类似 windows 的字符串(带有正斜杠),还是会自动转换?我试图让这个插件在 Windows 上运行,而无需在 Windows 上安装完整的开发环境。  到目前为止,没有快乐......

迈克尔·索恩 0 票
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这听起来像是一个很棒的插件开发。

正斜杠和反斜杠在 Windows 的代码中通常可以互换,但如果它显示给用户,最好使用 File.pathSeparator 使它们看起来正确。

希拉里·米勒(Hilary Miller) 0 票
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我不得不稍微破解奥古斯都的源代码,但我让它在 Windows 以及 mac 和 linux 上运行。  如果有人想尝试,这里有一个非常初步的版本。  它缺少很多功能,没有文档,并且可能会崩溃并显示错误消息。  如果这让您担心,最好等待未来的版本。(不过它对我来说很好用......)  

https://dl.dropbox.com/u/320712/Augustus-0.1rc1.gplugin

迈克尔·索恩 0 票
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聚苯乙烯如果它对你有用,请认识我!(并请包括您的操作系统和 Geneious 版本)欢迎任何和所有反馈。

迈克尔·索恩 0 票
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它在使用 Geneious 6.1.2 的 Windows 7 上对我来说很好用。在人类 22 号染色体上等待的时间比我想的要长(几分钟),进度条没有说明可能需要多长时间,但是在它的一个小子序列上运行它效果很好,它正确地找到了我已经知道存在的基因.

优秀的插件感谢迈克尔。我期待看到完成的版本。

希拉里·米勒(Hilary Miller) 0 票
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