与 EMBOSS freak 命令的接口

我寻求指导：将用于蛋白质分析的 emboss freak命令集成到 Geneious 中的最佳方法。

freak“生成残基/基频表”，输出为每个残基分数，范围从 0 到 1。

我想将结果显示为图表，类似于氨基酸变化或 GC 含量。

除了序列之外，freak 的参数还包括 -step、-window 和 -letters。  如果这样做允许我使用您的“Wrapper PlugIn”功能，我很高兴将这些值硬编码到命令行中。   确实，我曾尝试这样做，但是，无论重新格式化如何，似乎都没有插件类型会消耗 freak 的结果。

我试图将 freak 的输出重新格式化为一个 .qual 文件，认为这可能“正常工作”，阅读了https://support.geneious.com/hc/en-us/community/posts/218314028-Wrapper-plugin-question讨论类似的功能，但用于 GFF 功能。 

可能更现代的是将其重新格式化为 .wig 文件（用于蛋白质）。

我看到开源的coiled-coils代码，但我认为我现在还没有准备好接受这个，因为我真的只有很少的java阅读知识。

当我问一个关于将 plaac 集成为蛋白质分析工具的类似问题时，Hillarly Miller 建议在这里提出这样的问题。 https://support.geneious.com/hc/en-us/requests/23345 。  

如果我设法整合了 freak，那么我可能会回到 plaac，其结果最好被认为是多个每个残基命名的向量（排列为矩阵），每个向量都可以生成一个图（如果名称是用户选择的）通过复选框）。 

在我继续这一努力之前，非常欢迎所有方向、建议、代码片段或其他方面的支持。

Thanks!