SequenceAlignmentDocument.getReferencedDocuments() 返回 NULL

嗨，查尔斯，

如果 getReferencedDocuments() 为某些索引返回 NULL，则意味着对齐确实引用了该索引的任何原始文档。  这可能是由于多种原因。  最常见的两种是：

1. 用户对对齐进行了更改并放弃了对原始的引用。
2. 无论创建对齐方式的内容都没有引用 Geneious 中的任何原始文档

这仍然是一个有效的对齐方式。

如果您自己创建这些对齐方式，那么如果您告诉我您如何创建它们或共享代码片段，我可以提供一些建议，以便在适用的情况下包含参考文档。

如果您是从其他地方获得这些信息，那么很可能是您需要处理的有效案例。  你使用参考文件做什么？

嗨，马修，

感谢您的答复。

我使用 Geneious'''''''''''''''''''''''''''''''''''''功能来生成序列比对重叠群。基本上，这就是我所做的：

- 用户通过“搜索”选项创建序列或从其他系统导入序列。

- 用户使用“映射到参考”对齐序列。

- 一旦生成序列比对重叠群，插件就会读取重叠群。这是我使用 getReferencedDocuments() 并且此 API 返回 NULL 的地方

如果您需要更多详细信息，请告诉我。

谢谢，

查尔斯

嗨，查尔斯，

如果您使用 Geneious Mapper 执行此操作，则默认情况下对齐的序列应参考原始文档。  但是，如果您要映射大量序列，我们不会创建这些引用，因此这可能就是您所看到的。

你映射了多少序列，你需要参考文档做什么？

干杯，
马修

嗨，马修，

我正在将 96 个序列与 53 个（参考）序列进行比对。您能否让我知道是否对参考序列的使用设置了任何限制？

谢谢，

查尔斯

嗨，马修，

因此，为了验证我面临的问题是否与大量序列有关，我只对齐了 2 个序列并且效果很好。它有效，即引用不为空，最多 48 个引用序列。当我尝试使用超过 48 个参考序列时，getReferencedDocuments() 返回 NULL。

很明显，问题在于比对中使用的参考序列的数量。

请确认是否有任何此类限制？

Thanks for your help!

问候，

查尔斯

嗨，查尔斯，

我可以确认有一个限制。  我们这样做是出于性能原因。  它取决于许多因素，包括被映射的序列数量和参考序列的长度。

如果您告诉我以下长度，我可以确认您是否应该达到此限制：

1. 你的参考序列
2. 被映射的最长序列
3. 被映射的最短序列

但是，您的插件应该仍然能够处理引用文档为空的情况。  你需要参考文件做什么？  如果您只需要知道哪些文档被用作输入，您可能可以使用 DocumentHistory 或 Lineage 来获取它。 

请参阅 OperationRecordDocument： https ://assets.geneious.com/developer/geneious/javadoc/latest/com/biomatters/geneious/publicapi/documents/OperationRecordDocument.html 或
文档历史：https://assets.geneious.com/developer/geneious/javadoc/latest/com/biomatters/geneious/publicapi/documents/AnnotatedPluginDocument.html#getDocumentHistory--

干杯，
马修