比对文件中的共识序列。

嗨，阿德里安，

比对顶部显示的共识是动态共识，因此您无法将其分配为具有固定序列。我建议您改为尝试以下选项之一

1) 我觉得生成包含原始序列和优化序列混合的比对是错误的。如何仅生成优化序列的比对，但为每个优化的核苷酸添加注释以表明它已更改。例如使用 SequenceAnnotation.TYPE_EDITING_HISTORY_REPLACEMENT 类型的注释。

2）如果你真的想要在比对中混合使用优化和未优化的序列，你可以在你的比对中添加“未优化的共识”作为另一个序列，并告诉用户关闭自动生成的共识。

3) 您可以在不想为自动生成的共识做出贡献的序列上调用 SequenceDocument.setFiedValue(DocumentField.NUMBER_OF_MAPPED_LOCATIONS,2)。然后，共识选项将有一个名为“忽略映射到多个位置的读取”的设置，您可以将其打开。

此致，
马特。

嗨，马特，

Thank you for your answer.为清楚起见，我将直接回答这一点。

1我确实像你在图片中看到的那样添加了注释（optimized_codon 和 TYPE_EDITING_HISTORY_REPLACEMENT 也是一个不错的选择）但用户也希望看到原始序列。除此之外，我需要在下面添加一些经过计算的寡核苷酸，所以很清楚我需要确定共识中的内容。

2我这样做了，但是能够以动态方式调用我的计算方法会好得多。有没有办法做到这一点？

3  我试过这个，它似乎有效，但它似乎对我称之为的地方也很敏感。是否可以以编程方式设置“忽略映射到多个位置的读取”？在这个序列中记录和询问生物学家的少一件事。

此致，

阿德里安

嗨，阿德里安，

2抱歉，但我想不出一种方法让两个动态生成的一致序列在一个比对中。

3这应该这样做：
Preferences.userRoot().node("com/biomatters/geneious/publicapi/plugin/Options/com/biomatters/geneious/common/consensusSequence/ConsensusOptions").putBoolean("ignoreReadsMappedToMultipleLocations",true);

此致，
马特。

嗨，马特，

感谢您提供设置首选项的信息。它有效，并且可能适用于其他一些设置。

对于动态共识序列，我不希望同时拥有 2 个，而是使用返回序列的自定义计算来覆盖默认值。

干杯，

阿德里安

嗨，阿德里安，

抱歉，很遗憾，您无法覆盖动态共识计算。

此致，

马特。