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向 LIMS 提交 genbank 文件

我正在尝试将我的 Geneious 与某种 LIMS 系统集成。为此,我需要将 genbank 文件提交到 api 端点,所以我想我会为此制作一个插件。

我遇到的第一个问题是生成 GenBank 流。查看示例插件代码,我可以找到如何导出 Fasta,这是有道理的。我还可以看到如何将所有位组合在一起并真正从头开始编写 GB 文件。然而,我希望有一种更标准的方法来做到这一点。

由于 Geneious 可以“本地”导出这样的格式,我希望有一个来自 AnnotatedPluginDocument 类的序列化函数,我可以直接调用它,但我找不到类似的东西。

我还偶然发现了 GenBank 提交插件,我认为它必须在某个时候执行此操作,但由于此代码不可用,因此没有太大帮助。

有任何支持都很开心!

保罗·科斯蒂亚

1条评论

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PluginUtilities.exportDocuments() 是最简单的方法:

File tempFile = FileUtilities.createTempFile("temp", ".gb", true);
PluginUtilities.exportDocuments(tempFile, myDocument);
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