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检查文档是核苷酸序列还是氨基酸序列

我正在编写一个插件，可以将核苷酸或氨基酸序列作为输入。如果输入核苷酸序列，则第一步将其翻译。

该插件一次仅作用于一个文档。

测试输入文档是核苷酸序列还是氨基酸序列的最稳健方法是什么？

我目前的解决方案是：

if (documents[0] instanceof NucleotideSequenceDocument) {
 //做核苷酸的事情
}
 else if (documents[0] instanceof AminoAcidSequenceDocument) {
 //做氨基酸的东西。
 }

这在大多数情况下都有效，但在某些文档上会中断。具体来说，它会中断调试器告诉我的文档类型：

com.biomatters.plugins.ncbi.documents.GenBankNucleotideSequence

必须有办法解决这个问题，因为签名选择功能能够解决这个问题，并且工作得很好。很高兴知道它在幕后做什么，所以我可以做同样的事情。

公共 DocumentSelectionSignature[] getSelectionSignatures() {
返回新的 DocumentSelectionSignature[] {
 new DocumentSelectionSignature(AminoAcidSequenceDocument.class,1,1)
 ,new DocumentSelectionSignature(NucleotideSequenceDocument.class,1,1)
 // 这表明此注释生成器将接受单个核苷酸序列或单个氨基酸作为输入
};
 }

肖恩·约翰逊 2018年12月31日20:03

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3 条评论

我想出了一个似乎有效的解决方案。可能有更好的方法来做到这一点，但我现在所做的只是围绕强制转换操作执行 try-catch 块。

例如：

尝试 {
 inputAASequence = (AminoAcidSequenceDocument) 文档[0].getDocument();
 doctype = "氨基酸";
 }
捕获（例外 e）{
尝试 {
 inputNtSequence = (NucleotideSequenceDocument) 文档[0].getDocument();
 doctype = "核苷酸";
 }
捕获（例外 e）{
 throw (new DocumentOperationException("无法确定输入文档的类型"));
 }
 }

肖恩·约翰逊 2019年1月3日16:27 0 票

我找到了另一种方法来做到这一点。我认为这种方式实际上是首选方式。

如果 (DocumentType.isAminoAcidSequence(documents[0].getDocument())) {
 //做氨基酸的东西
}
否则 if (DocumentType.isNucleotideSequence(documents[0].getDocument())) {
 //做核苷酸的事情
}
别的 {
 throw (new DocumentOperationException("输入文档必须是核苷酸序列或氨基酸序列。"));
 }

肖恩·约翰逊 2019年1月3日18:32 0 票

我可以确认您找到了正确的方法:)

理查德·摩尔 2019年1月4日1:47 0 票