单体型调用

有没有办法从扩增子 Illumina 测序数据中提取单倍型（和频率）[相同序列] 列表？

谢谢

阿德米尔·马丁斯 2020年10月13日22:33

你有什么样的数据集？是用于评估 CRISPR 编辑、宏基因组数据还是其他什么？你有参考序列吗？您是否想将其合并到插件中（因为这是插件开发论坛）？

希拉里·米勒（Hilary Miller） 2020年10月14日1:16 0 票

亲爱的希拉里，

对不起，我想我进错了论坛。

我实际上有一个汇集的条形码扩增子的 Illumina 序列。

我需要恢复我在每个库（条形码）中找到的单倍型。

我所做的是导入 fastq 数据做大量素数，合并配对文件并将它们映射回参考序列。我正在为每个图书馆这样做。

现在我想在每个库中列出过滤的单倍型及其频率

阿德米尔·马丁斯 2020年10月14日15:19 0 票