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扩增子测序比对报告

Hi!我们通常使用自制的工作流程，从扩增子读取类型 Ilumina 创建比对，并在这些比对上调用 SNP。我寻找了几种路径来自动总结和分组比对结果在 .csv 类型的报告中。通常包含：读数-参考序列-SNP-SNP位置……的数量。所需的所有信息均由工作流程生成并存储在对齐文件中。通常通过运行创建 150-300 个比对，我们寻求自动生成摘要报告。我是否错过了一种无需在 Java 中编码的简单方法？是否有可能为开发这样的插件付费？

昆汀·艾伯利
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1条评论

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嗨昆汀

如果您使用相同的参考序列，则应该可以在一个参考文档中获取所有 SNP 轨迹，然后您只需将所有 SNP 调用从一个 csv 文档中的所有轨迹导出。  我不确定您是否能够将其配置为工作流程的一部分，或者您是否需要在工作流程运行后“手动”进行配置。  如果您可以通过support@geneious.com直接与我们联系，并提供您的工作流程示例，我们可以查看。  

希拉里·米勒（Hilary Miller） 0 票
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