我无法连接到NCBI BLAST和/或从NCBI数据库下载

NCBI 定期实施配置更改，这可能会导致从 Geneious 连接时出现问题。  我们尽最大努力跟上这些变化，并在需要支持的 Geneious 版本时实施补丁修复。  这篇文章总结了连接到 NCBI 时可能出现的问题，以及一些可能的解决方案。

1Geneious R8 及更早版本

NCBI 服务不再适用于 Geneious R8 及更早版本。  这是因为 NCBI 在 2016 年 9 月 30 日从使用 HTTP 切换到使用 HTTPS。  有关更多详细信息，请参阅NCBI 向 HTTPS 的过渡。

R9 及更高版本的用户应确保他们已更新到适用于其版本的最新补丁。 

2如果您新安装了 Geneious 或从未连接到 NCBI

检查 Geneious 的连接设置是否正确配置为使用您研究所的代理服务器（如果需要）。  Geneious 通过端口 443 上的 URL 发送 BLAST 作业，但如果防火墙阻止直接访问，则必须通过代理。您可能需要联系您当地的 IT 来确定要使用的代理设置，并通过菜单首选项→常规选项卡将它们输入到连接设置中。

“使用浏览器连接设置”的实现可能因平台而异。在 Windows 上，如果代理是在 Internet Explorer 中设置的，它应该可以工作。此外，如果通过“使用自动配置文件”指定 PAC 文件，Geneious 将采用它指定的主机地址和端口设置，并使用它们自动填写字段。  有关配置连接设置的更多信息，请参阅此帖子。

3NCBI Download errors in Geneious 11.0 and earlier

NCBI 现在限制没有 NCBI API 密钥的用户的 NCBI 请求率。Geneious 11.0 及更早版本不支持使用 API 密钥，因此如果来自您 IP 地址的下载请求超过每秒 3 次的限制，您将看到包含文本“服务器返回 HTTP 响应代码：429 for URL:"

有关 API 密钥的更多信息，请参阅此帖子。

Other changes made by NCBI in Jan 2018 mean Geneious R11.0.4 or earlier, and Geneious R10.2.3 or earlier, can no longer download sequences from NCBI Genomes and Nucleotide.  使用这些版本的用户在尝试从这些数据库下载时将收到错误“下载失败 - 文件结尾意外为空”。

有关更多信息，请参阅此帖子。 

4  Geneious 11.1 和 Geneious Prime 中的 NCBI 下载错误

如果您没有 NCBI API 密钥，并且您的 IP 地址超过了每秒 3 个请求的下载限制，您将收到以下错误：

Search failed - NCBI received too many requests from your IP

有关更多信息，请参阅此帖子。