使用Geneious de novo Assembler组装NGS数据有哪些硬件要求？

Geneious de novo组装器旨在用于细菌基因组和小型真核生物基因组。  对于较大的真核生物基因组，我们建议使用 Velvet，它可作为 Geneious 插件使用。  有关要使用的汇编程序的详细信息，请参阅以下知识库文章which-de-novo-assembly-algorithm-is-best-for-my-data-

Storage:Geneious de novo汇编程序对磁盘空间的要求非常高，因此对于大型汇编程序，可能需要 10 到 100 GB 的临时存储空间。  将数据库存储在固态驱动器 (SSD) 上将大大提高速度和性能。

处理器：Geneious de novo汇编程序部分是多线程的，因此添加处理器会稍微加快速度。  与大多数事物计算一样，处理器和内核越快，事物就会越快。

内存：您需要多少 RAM 主要取决于数据集的大小和数据集的质量。  下图提供了您可能需要的最小和最大 RAM 量的粗略指南，具体取决于您的数据集大小和类型。

Geneious de novo Assembler 始终提供对组装选定数据集所需 RAM 的最小/最大估计，并且如果它预计没有足够的 RAM 来完成组装，则不会运行。如果有疑问，只需选择您的数据并启动汇编程序即可查看预测的内存需求

RAM 要求的一般经验法则：

• 组装具有更高覆盖深度的数据将需要更多 RAM 目标是覆盖 50 到 100 倍
• 组装质量较低的数据，有更多的错误调用、插入和缺失，将需要更多的 RAM
• 将数据集的大小（总核苷酸）加倍将使 RAM 需求大致加倍
• 对于 illumina 数据，大约需要 1 GB 的 RAM 来组装 100 万次读取的数据集（平均读取长度为 100 个核苷酸）

请注意，Geneious de novo汇编程序将允许您权衡 RAM 要求以换取速度（选择自定义灵敏度和更多选项以减少 RAM 要求）。  最低设置将使您的 RAM 需求减少大约一半。

我的从头组装需要多长时间？：   见以下链接

完成 Geneious de novo汇编程序所需的时间取决于您的硬件、数据集的大小以及用于汇编的设置。  降低“灵敏度”设置将增加组装程序的严格性并减少完成组装所需的时间。